一种可制备超疏水微结构的纳米压印装置，首先利用涂胶装置一、涂胶装置二将压印胶苄基硫醇钯均匀涂抹到衬底一、衬底二表面，然后压印装置一、压印装置二分别对衬底一、衬底二进行压印得到带有纵向光栅结构的衬底一、带有横向光栅结构的衬底二，对衬底一进行高温处理一小时使苄基硫醇钯光栅转化为金属钯光栅，然后在压印装置三的作用下横向光栅脱离衬底二，并粘附到纵向光栅上形成叠堆结构，再进行一小时的高温处理使横向苄基硫醇钯光栅转化为金属钯光栅，得到超疏水微结构。本实用新型通过使用辊对辊压印，使用纳米压印与化学相结合的方法制备超疏水微结构，可轻易制备出复合结构，避免衬底多次取放，减少制备时间与对准误差，成本大大降低。