一种可制备复杂微结构的纳米压印装置，首先放卷辊放出衬底，涂胶辊将光刻胶涂在衬底上，将衬底传送到压印装置下方，加热辊将光刻胶加热到玻璃化温度，压印辊一进行压印，然后固化，之后通过刻蚀装置清除残余层，衬底再次回到压印装置下方，再进行加热，旋转盘将压印辊二转至第一次压印后的光刻胶上方，压印辊二进行压印，压印辊二压印完成后,重复以上步骤至压印辊三压印完成后，再将得到的复杂微结构的衬底通过收卷辊收集起来。本实用新型通过多辊压印制备复杂微结构，能够在较低成本下快速有效的制备复杂微纳结构，方法简单，装置及加工实现成本相对较低，且制备图案精度较高，减少了误差，避免了对衬底上图案和模板损伤及更换模板成本问题。