本发明提供一种燃料电池用酸碱复合型质子交换膜及其制备方法，属于高分子化学和质子交换膜燃料电池领域。该质子交换膜按重量百分比包括：50～90%含有羧基的磺化聚芳醚酮砜和10～50%含有氨基的磺化聚芳醚酮砜：本发明还提供一种燃料电池用酸碱复合型质子交换膜的制备方法，该方法是利用亲核缩聚反应分别制备含有羧基和氨基的磺化聚芳醚酮砜，再利用溶液共混法制备一种酸碱复合型质子交换膜。本发明的酸碱复合型质子交换膜在80℃时的质子传导率最高可达到0.089S/cm。