本发明提供一种纳米纤维素的制备方法，属于生物纳米材料领域。解决现有的方法无法彻底去除杂质离子、步骤繁琐且能耗高的问题。该方法先制备纳米纤维素悬浮液；然后将碱性阴离子交换树脂放入离子交换装置中，对碱性阴离子交换树脂进行活性处理；将得到的纳米纤维素悬浮液从离子交换装置上口倾入，纳米纤维素悬浮液流经活性处理后的碱性阴离子交换树脂，从离子交换装置下面出口流出，得到处理液Ⅰ；用去离子水冲洗离子交换装置，得到处理液Ⅱ；将得到的处理液Ⅰ和处理液Ⅱ进行离心，得到纳米纤维素沉淀，经冷冻干燥后，得到纳米纤维素。本发明的制备方法简单、时间短，节省了成本，并且没有引入杂质离子，也没有改变纳米纤维素的尺寸和性质。